Madagascar traverse depuis octobre 2025 une crise institutionnelle, marquée par la destitution du président Andry Rajoelina suite à une mobilisation populaire d'une ampleur inédite contre les coupures d'eau et d'électricité, la corruption et la pauvreté. Cette crise a provoqué une vacance du pouvoir avec la prise de contrôle par des forces militaires, notamment le Corps d’armée des personnels et des services administratifs et techniques (CAPSAT). Cette situation exceptionnelle soulève de profondes interrogations sur la continuité institutionnelle et sur le fonctionnement des institutions judiciaires dans un contexte d'instabilité politique. Le système judiciaire malgache, déjà fragilisé par des années de dysfonctionnements liés au manque de ressources, à des infrastructures vétustes, à la lenteur des procédures et à des problèmes de corruption, subit un choc supplémentaire avec cette crise institutionnelle. Les manifestations, suivies du changement abrupt de direction politique ont perturbé l'organisation judiciaire, retardant notamment le traitement des affaires et des procès en cours. Le cours normal de l'organisation judiciaire a repris depuis peu malgré quelques renvois en bloc de certaines audiences notamment correctionnelles en raison de la grève du personnel pénitentiaire. L'indépendance institutionnelle du système judiciaire malgache reste un défi majeur. Malgré des efforts notables pour renforcer l'indépendance individuelle des magistrats et améliorer l'administration judiciaire, notamment par des réformes législatives, la justice reste fortement dépendante du pouvoir exécutif en matière budgétaire et administrative.